Die Flöte ist eines der ältesten Musikinstrumente und gilt als das älteste Blasinstrument. Sie ist zumindest seit der Steinzeit in Gebrauch.

Das Flötenspiel hat besonders im Orient eine lange Tradition. Die Sumerer und Ägypter brachten auf ihren Bambusflöten bereits 3 bis4 Grifflöcher an und konnten so mehrere Töne erzeugen.

Im Altertum war der Flötenbau bei den Griechen hochentwickelt: Ihre Instrumente, die am offenen oberen Ende angeblasen wurden, hatten bereits 6 Grifflöcher. Die Flöte genoss jedoch als Instrument des einfachen Volkes kein Ansehen – im Gegensatz dazu ging der Aulos , ein ferner Vorläufer der Oboe, mit sozialem Status einher.

Die heute im Orchester verwendeten Flöten sind Querflöten – im Unterschied zu den Längsflöten der Griechen oder der (modernen) Blockflöte. Erste Belege für Querflöten in Europa stammen von etruskischen Ikonografien aus dem 4.–1. Jahrhundert v. Chr. Auch die Römer kannten quergeblasene Flöten.

Nach dem Fall Roms tauchen Belege für die Querflöte, auch Traversflöte genannt, erst im 11. Jahrhundert wieder auf. Höchstwahrscheinlich war sie aus dem Orient über das byzantinische Reich in den Westen gekommen. Die mittelalterliche Querflöte wurde aus einem Stück Holz gefertigt und hatte 6 Grifflöcher. Diese Querpfeife wurde beim Militär eingesetzt und sogar bei Hofe gespielt. Fahrende Spielleute verbreiteten die Querflöte von Deutschland aus (daher hieß sie auch fistula Germanica) in ganz Europa. Sie wurde meist zusammen mit einer Trommel gespielt.

Im 16. Jahrhundert wurde das Flötenconsort, ein Flötenensemble bestehend aus drei Querflöten verschiedener Größen, fixer Bestandteil der Musizierpraxis. Daneben etablierten sich gemischte Consorts, d.h. Ensembles mehrerer Instrumente wie z.B. Viola, Laute und Querflöte.

Die gebräuchlichste Querflöte war die Querflöte in D mit einem Tonumfang von d1–d3 (dieser konnte mit einiger Geschicklichkeit noch ausgeweitet werden). Da das Instrument in D gestimmt war, konnten die Töne anderer Tonarten nur durch halbes Abdecken der Grifflöcher oder durch Gabelgriffe gespielt werden. Das Instrument erhielt dadurch zwar eine gewisse Chromatik, behielt aber eine unreine Intonation. Dies benachteiligte die Querflöte gegenüber den anderen Holzblasinstrumenten.

Ab der Mitte des 17. Jahrhunderts wurde die Querflöte mehrmals gravierend umgestaltet. Ab 1660 fügte man sie aus drei Teilen zusammen: dem zylindrischen Kopfstück, dem Mittelstück mit 6 Grifflöchern sowie dem Fuß. Mittelstück und Fuß verliefen konisch. Am Fuß wurde ein weiteres Tonloch (zur Erzeugung des Dis) angebracht und mit einer Klappe ausgestattet. Diese Veränderungen, die vermutlich auf Initiative der französischen Instrumentenbauerfamilie Hotteterre erfolgten, bedeuteten den Beginn der eigentlichen Entwicklung der Querflöte.

1681 wurde erstmals eine Hotteterre-Flöte mit einem Tonumfang von 2½ Oktaven (d1–g3) im Opernorchester des  Jean-Baptiste Lully (1632–1687) verwendet. Aufgrund ihres großen Tonumfanges und des brillianten Klanges machte die Querflöte im Orchester bald der Schnabelflöte Konkurrenz.

Die Schnabelflöte oder Fistula Anglica (sie hatte sich zuerst im englischen Raum ausgebreitet) war eine Längsflöte, die zur selben Zeit wie die Querflöte nach Europa gekommen war und sich im Orchester etabliert hatte. In den Partituren ab der Mitte des 18. Jahrhunderts bezeichnete flauto aber nicht mehr die Schnabelflöte, sondern die Querflöte (davor flauto traverso ).

Von einer homogenen und ausgeglichenen Klangqualität war die barocke Querflöte jedoch noch weit entfernt: Die Unregelmäßigkeiten in der Tonskala und die – durch Gabelgriffe erzeugten – chromatischen Zwischentöne mit ihrer abweichenden Klangfarbe wurden in Modulationen als störend empfunden. Die Intonationsprobleme der Barockflöte konnten, wenn überhaupt, nur durch ausgesprochene Virtuosität überspielt werden.

Die gängige Praxis, das Mittelstück der Flöte auszutauschen, verstärkte diese Problematik. Je nach gewünschter Stimmung wurde ein längeres oder kürzeres Mittelstück eingesetzt, ohne jedoch die Lage der Grifflöcher den veränderten akustischen Gegebenheiten anzupassen. Die Einführung des austauschbaren Mittelstückes (corps de réchange) wird dem Flötenvirtuosen Pierre Gabriel Buffardin (ca. 1690–1768) zugeschrieben.

Die von Frankreich ausgehenden Versuche, die Querflöte zu verbessern, setzten sich auch andernorts fort: Der preußische Flötist und Komponist Johann J. Quantz (1697–1773), Lehrer Friedrichs des Großen, beschäftigte sich intensiv mit den Intonationsproblemen und wurde so selbst zum Flötenbauer. Er erfand den Stimmzug, experimentierte mit Form und Größe der Tonlöcher und fügte der Flöte eine weitere Klappe hinzu. Diese Verbesserungen sowie sein Lehrwerk „Versuch einer Anweisung, die Flöte traversière zu spielen“ (Berlin 1752) und seine an die 400 Kompositionen für Querflöte (hauptsächlich Konzerte für Flöte und Streicher) erhöhten die Popularität des Instrumentes und rückten es vermehrt ins Augenmerk der Komponisten.

Querflöte, Frankreich, 19. Jahrhundert (Musikinstrumentenmuseum Schloss Kremsegg, Austria, Sammlung Streitwieser)

Ende des 18. Jahrhunderts hatte sich die Querflöte einen festen Platz im Orchester erobert. Ihre Bedeutung als Solo- und Kammermusikinstrument schwand jedoch seit der Mitte des Jahrhunderts: In den Augen vieler Komponisten konnte die Querflöte einerseits den harmonischen und formalen Entwicklungen nicht mehr gerecht werden; andererseits brachte die Verlagerung des Publikums von höfischen in bürgerliche Kreise – vom intimen Zimmer zum großen Konzertsaal – ein völlig neues Klangideal mit sich, das u. a. einen kräftigeren Ton forderte.

Trotz der permanenten Versuche, die Querflöte klanglich und technisch zu verbessern, konnte sich bis weit ins 19. Jahrhundert hinein keine auch nur annähernd einheitliche Bauweise etablieren.

Eine Lösung kam erst um 1830 in Sicht, als der Flötist der Münchner Hofkapelle, Theobald Böhm (1794–1881), ein umfassendes neues Konstruktionskonzept für die Flöte zu entwickeln begann. Angeregt durch die Umgestaltungsversuche einiger Zeitgenossen beschäftigte er sich intensiv mit dem Klappenmechanismus sowie mit Größe und Lage der Tonlöcher. In seine Arbeit flossen auch Ideen anderer Flötenbauer ein, insbesondere die vom Pfarrer Frederick Nolan 1808 patentierten Ringklappen sowie das Prinzip des kräftigeren Klanges durch größere Tonlöcher, mit dem sich schon Tromlitz beschäftigt hatte.

1832 konstruierte Böhm, basierend auf eigenen mathematischen Berechnungen und Experimenten, eine Querflöte, deren Tonlöcher erstmals nach akustischen, nicht mehr nur nach grifftechnischen, Kriterien angebracht waren. Zudem schuf er einen völlig neuartigen Klappenmechanismus, indem er die Klappen durch bewegliche Achsen koppelte. Das Böhm’sche Klappensystem brachte eine neue Griffweise mit sich, die sich jedoch unkomplizierter gestaltete als die herkömmliche.

1847 stellte Böhm eine verbesserte Flöte mit zylindrischem Rohr und parabolisch-konischem Kopfstück vor – eine Revolution im damaligen Instrumentenbau.

Zusätzlich hatte die neue Flöte eine verbesserte Klappenmechanik, die die von Louis-Auguste Buffet 1839 patentierten Nadelfedern mit einbezog. Die Klappendeckel versah Böhm mit Filzpolstern, damit keine Luft entweichen konnte. Das Mundloch, das vorher oval oder rund war, gestaltete er nun als langes Rechteck mit abgerundeten Ecken. Als Material wählte er deutsches Silber, dem er die besten Klangeigenschaften zuschrieb.

Die Böhm-Flöte wurde in Frankreich, England und den USA begeistert angenommen. Sie erhielt u.a. einen Preis auf der Weltausstellung in Paris 1855. In Böhms Heimat stieß sie zunächst auf Skepsis, ebenso wie in Italien und Russland, hauptsächlich deswegen, weil die Flötisten die neue Griffweise ablehnten. Ein prominenter Gegner der Böhm-Flöte war auch Richard Wagner, der sie – wohl aufgrund ihres ungewohnt kräftigen Klanges – mit dem Schimpfnahmen „Gewaltröhre“ bedachte. In Folge bemühten sich einige Instrumentenbauer, der Böhm-Flöte ihr eigenes Modell entgegenzustellen – die Bauweise Böhms setzte sich jedoch auf lange Sicht durch.

Noch heute wird die Querflöte nach dem Böhm’schen System gebaut, das im 19. und 20. Jahrhundert immer wieder geringfügig modifiziert und verbessert wurde.

Durch die Etablierung einer technisch ausgereiften und klanglich zufriedenstellenden Querflöte wuchs im 20. Jahrhundert die Sololiteratur gewaltig an. Komponisten fingen an, die Grenzen des Instrumentes neu auszuloten. Experimente mit Klangfarben und neuen Ausdrucksmöglichkeiten führten zu einer wesentlichen Erweiterung der Spieltechniken.