Die Flöte hatte für die Menschen der Frühkulturen magische Bedeutung und war aufs Engste mit der jenseitigen, spirituellen Welt und ihren Göttern verbunden: Vielfach wird das Instrument von Göttern gespielt oder symbolisiert die Stimme eines Gottes: Im alten Ägypten hörten die Menschen in den langen Flötentönen die Stimme Isis’, der Göttermutter. Götter waren es auch, die den Menschen die Flöte zum Geschenk machten: Der indische Gott Krishna – in der Gestalt eines Hirtenknaben – brachte den Menschen die Querflöte.

Der wohl bekannteste Mythos, der sich um die Flöte rankt, stammt aus der griechischen Mythologie: die Geschichte des Pan, der unter tragischen Umständen die nach ihm benannte Panflöte erfindet.

Die liebliche Nymphe Syrinx wird auf der Flucht vor dem bocksfüßigen Pan, dem Gott der Hirten und Herden, von wohlgesonnenen Göttern gerettet, die sie in Schilf verwandeln. Pan, der sich in Sehnsucht nach Syrinx verzehrt, bindet einige Schilfrohre zusammen und bläst wie ein Windhauch durch die Halme, um in deren Gesang Syrinx’ süße Stimme zu vernehmen. Später schenkt er die selbstgebaute Flöte den Hirten, und so kam sie unter die Menschen.

Künstler aller Epochen schöpften aus dem reichen Schatz der Mythologie, der ihnen Faszination und Inspiration war. So lieferten auch die unzähligen Mythen um die Flöte Stoff für musikalische Ausdrucksformen. Claude Debussy, zum Beispiel, wurde von dem Verwandlungsmythos der Syrinx in zwei Werken inspiriert (Nachmittag eines Fauns, Syrinx, 1913). Der ätherische, reine und poetische Klang der Flöte ist untrennbar mit mythischen oder spirituellen Figuren und dem Tod verwoben.

Eine weitere Facette der Flötensymbolik ist die Darstellung von Natur und  Landleben – eine Symbolik, die aufgrund der Klangeigenschaften der Flöte entstand und onomatopoetischen Charakter hat. Beispiele dafür sind der Vogelgesang in Olivier Messiaens Le Merle Noir oder Ludwig van Beethovens Pastoralsymphonie.

Bis zur Renaissance hatte die Flöte einen sehr starken Bezug zu Krieg und Schlachten, denn sie gehörte zusammen mit den Trommeln zum Instrumentarium des Fußvolkes. Spätestens im Barock wurde ihr jedoch die Fähigkeit zuerkannt, zarte Gefühle ausdrücken zu können. Diese Seite der Flöte erlangte in der Romantik enorme Bedeutung, wo der Flötenklang zum starken Ausdruck sentimentaler Gefühle wurde.